清華資本運營總裁班課程著眼于全球視角，以課程的實用性為向導，通過實地調研，時刻關注中國企業的現狀、動態與需求，經知名教授設計整套課程方案，并與資深教授反復研討和修訂，最后以課程的嚴謹性、邏輯性和實踐性為基本準則進行嚴格的試講和評估程序才得以推出。課程推出后，嚴格履行課程的更新與二次開發，不斷創新并堅持將最前沿的管理知識與最具代表性的案例呈現于課堂。
清華資本運營總裁班課程體系分為六大模塊十六個研究方向，旨在鞏固企業領袖的基礎管理知識，提升核心管理能力，加強企業在大環境下的戰略與決策能力。

開學導向模塊旨在開發心智，磨煉意志，激發潛能，陶冶情操，增進團隊合作意識;

基礎理論課程模塊立足于經典管理知識體系梳理、戰略思維培養、領導力開發實踐和企業成長管理，從宏觀經濟分析到微觀環境把握，匯集了國際最前沿的管理學理論與方法，體現前沿性、針對性、實用性，為學員夯實管理學理論基礎;

管理職能課程模塊以決策者高度，從創新思維、管理執行、企業實踐三大方面系統完整地解決企業管理實務，為企業轉型升級保駕護航。定期舉行高端主題沙龍、企業論壇活動，邀請海內外知名專家學者，舉辦專題講座，緊密結合中國管理實際，深入闡述世界經濟發展前言理論;

特色學科課程模塊依托清華醫學、材料科學與工程、機械工程、礦業工程、管理科學與工程、交通運輸、土木工程、有色金屬冶金與金融等特色明顯的優勢學科，“管理知識+學科領域知識”滿足個性化需求的矩陣式人才培養模式的創新性舉措，以學科間的交叉與融合，激發新靈感，開拓新領域，引領行業可持續發展;

海外游學、國內游學課程模塊讓資本運營總裁班學員的視野得以開拓，素質得以提升，國際敏感度得以加強，并通過觀摩、交流與學習的方式開拓視野、知行合一，拓寬國際交流平臺，碰撞思維，共研商道;

◆ 核心課程：管理經濟學、人力資源管理、公司財務管理、公司治理、營銷管理、組織行為學、戰略管理、商業倫理與企業社會責任、社會主義理論與實踐、商務英語與溝通

◆ 選修課程：運營管理、創新創業與企業家精神、創業與中小企業管理、國際金融、證券與期貨、企業融資與資本運營、國際比較管理、項目管理、國學與管理、稅收籌劃、投資項目評估、管理信息系統、經濟法、國際貿易、循環經濟與環境經營管理、兩型社會與生態文明、宏觀經濟分析與政策解讀、基金理論與實務、經濟運行與中國資本市場、互聯網金融、金融法律、并購與重組、大數據與商業模式創新、行為金融學、財務報表分析、投資策略和風險管理、私募股權管理與風險投資等。